生物資訊科技實驗室

設立宗旨

培育兼具生命科學及電腦資訊專長之大學生,使成為21世紀跨科技領域之生物資訊研發人才。

成立年月

961

發展目標

1.初期:利用本校補助生物資訊技術發展實驗室建置計畫之經費80萬元,購置本實驗室之硬體及生物資訊課程所需之教學設備,並逐步建立及發展本領域之特色課程。

重要工作為:結合藥學系與生技系建立中草藥與化合物3D結構資料庫與藥物研發之虛擬篩選模式建置;並且建立網格計算之環境,作為生物資訊計算平台,加速虛擬篩選之進行,降低藥物合成與實驗之時間周期與成本

2.期:1.中草藥化學分子資料庫的建立,搜集傳統中草藥天然成分的化學結構與特徵,建立天然化合物資料庫作為藥物虛擬篩選之用。

2.結合農業生物科技園區之特色

3.期:配合政府「挑戰2008-國家重點發展計畫」與「兩兆雙星」產業發展計畫之重點推動項目生物資訊之領域,研究其相關技術及應用,諸如藥物研發、基因工程技術等。

承接計畫

1.本校補助生物資訊技術發展實驗室建置計畫經費80萬元。

參與教師

召集人:蘇順德。成員:(資工系)陳中亮、陳瑞樂;(藥學系)李冠漢;(生技系)王志傑;(職安系)馮靜安

重要設備

一、    4node PC叢集主機(PC cluster)

二、    圖形工作站: IBM z-pro圖形工作站1台,SGI O2圖形工作站1台。

三、    彩色輸出設備 Hp2600n立體眼鏡。

四、    藥物設計:Accelrys DS Modeling 1.7(教學用)

五、    藥效團設計模擬:Accelrys 3DQSAR  Catalyst 4.09

六、    分子對接:DOCK FlexX

課程規劃

化學、物理、生物、生物資訊概論生物計算概論演算法資料庫系統。

研究成果

()建立分子化合物資料庫共十一種,可供虛擬篩選之分子數目共計1,480,838筆。引入公用3D結構資料庫86,970,467筆。

()建立虛擬篩選系統網格計算環境架構進行UCSF DOCK分子對接計算。

()相關論文投稿發表

1. Jui-Le ChenBor-Ruey HuangKuan-Han LeeGlobal Grid Bond to the Local Parallel Processing for Virtual ScreeningAnnual Chinese Chemical Society & ICCT 2007 Joint Conference(壁報論文)

2. Jui-Le ChenBor-Ruey HuangKuan-Han LeeGlobal Grid Virtual ScreeningToward Maximum Computational efficiency of Docking Approach by Using Local Parallel Processing 2007 Annual Meeting of the Pharmaceutical Society of Taiwan(壁報論文)